В оптоволоконных мультиплексорах FMUX, потоки E1 передаются прозрачно. Никаких настроек синхронизации соответственно там нет. Смотрите настройки самих станций и индикаторы ошибок на FMUX, могут быть ошибки по оптике. Проверьте патчкорды, плотно ли вставлены, продуйте оптические разъемы сжатым воздухом.