мне кажется стоит попробовать с другой мамкой, желательно на другом чипсете.

по отзывам, нарытым из сети (не факт что все это правда) меньше всего проблем с pci на:
- не via (intel или nvidia);
- не самые последние чипсеты (без pci-express);
- стоит пробовать несколько вариантов (благо linux чаще всего запускается на новой железке простым перетыканием винта).

а на этом компьютере какое ещё железо стоит? framebuffer/x-window случаем нету? диски при чтении не занимают 100% cpu? (например кривые sata драйвера) тоже самое может быть с сетевушкой.

ещё наверное может помочь включение "Preemptible Kernel", но не уверен