Проблема не в том что Capspan-5000 с портом V.35 не будет работать впаре с Capspan-5000 с портом Ethernet. Например, такая схема будет работать:
<--Ethernet-->[Capspan-5000]<--медная_пара-->[Capspan-5000]<--V.35-->[Cronyx E1-L]<--поток E1-->[Cronyx E1-L]<--Ethernet-->

В портом Ethernet установлен модуль моста и важно, чтобы на другой стороне канала стояло оборудование, которое "понимает" протокол моста (в примере приведенном выше, Cronyx E1-L c портом Ethernet "понимает" протокол моста).

Может Вам поможет плата Tau-PCI (http://www.cronyx.ru/hardware/taupci.html), которую Вы установите в "сервер с билингом" и пара модемов с V.35 интерфейсом? Какая операционная система на сервере с билингом? Какой протокол используется для передачи по V.35 порту (ppp, cisco hdlc, ...)?