Зайдите в каталог с текстами ядра, удалите(для страховки переместить будет лучше) файл .config и все файлы include/linux/modules
Затем запустите make menuconfig и сразу выйдите из него сохранив конфигурацию.
затем скажите make dep и начните выполнять make (в начале он может создать пару полезных символьных ссылок) и прервите его скажем через минуту.
После чего повторите сборку модулей.