Отличие в том, что Tau-PCI/2E1 может быть расширена дополнительной интерфейсной платой серии Delta2 (два синхронных порта RS-530/V.35). Т.е. платы немного отличаются, но это не должно приводить к описанным Вами проблемам.

Надо разбираться. Для начала надо понять, что проблема именно в 2-х/4-х портовости. Если в один и тот же компьютер (и в один и тот же слот PCI) по очереди вставить 4-х портовую и двухпортовую, то проблема на двухпортовой есть, а на 4-х портовой нет?

Далее надо включать отладку и искать проблему.