Размер порции данных для обмена с канальным драйвером подбирается в czaptel.c в зависимости от ZT_CHUNKSIZE и ответов канального драйвера.
Размер буферов на приём/передачу в общем случае линейно зависит от ZT_CHUNKSIZE. Соответственно ZT_CHUNKSIZE линейно влияет и на задержку "внутри" Tau-PCI.
Алгоритмы эхоподавления в zaptel.c мягко говоря достаточно слабые (но не потому, что их писали неграмотные люди, а из-за ограничений по вычислительным ресурсам). По-видимому, изменение задержки (даже в сторону увеличения при ZT_CHUNKSIZE=16) нивелирует какие-то проблемы в алгоритме. Например, позволяет ему более точно "прицелиться".
Но попробовать 256 семплов думаю нужно...