Не уверен что понял все как есть, поправте если что не так.
Было: один канал E1 по нему работает FR. В FR два PVC.
Хочется: два канала E1, по каждому свой PVC.
Так?

То что вы прислали, я так понимаю это sconfig -a?
Что показывает sconfig -e и ifconfig -a когда у вас все запущено и должно работать?
И на всякий, какая версия драйвера и ядра Linux (2.4.кто)