Не может быть так что между вызовами start_chan прерывания разрешаются, вызывается ваш обработчик, который расчитывает что все каналы уже запущены, что тот момент не так?
Попробуйте поставить печать при входе и выходе из каждой функции. Это поможет понять картину происходящего.
Еще один вариант, проверьте непрерывность выделенных участков памяти для DMA операций. Если участки памяти не непрерывны, то может быть вообще все что угодно. И не только на разных чипсетах, но даже на системах на базе одинаковых материнских плат, с разной и даже одинаковой (если скажем просто платы местами поменять) конфигурацией.