По-идее, при ec-delay=auto эхо должно быть примерно одинаковое во всех случаях.

И совсем не ясно, отчего пропадает эхо при qlen=4 qlen-limit=4 с отключением эхоподавителя. Есть очень большое подозрение, что эхо-подавитель всё же работает.

Предлагаю провести более систематическую проверку:
1) При каждом наборе параметров делать не менее 5 звонков, и как минимум один раз перезапускать * (например, после третьего звонка);
2) На первом "круге" отключить авто-увеличение длины qlen (т.е. установить qlen-limit=1) и проверить qlen=2,3,4 c ec-dealy=auto. Записать значения ec-delay установленные по ec-delay=auto;
3) Затем попробовать менять ec-delay как в большую, так и в меньшую сторону от auto-значения. Это можно делать "на ходу", во время звонка;
4) Если останется желание продолжить, то попробовать "отпустить" qlen-limit и посмотреть, как будет меняться ec-delay при увеличении qlen, как это скажется на эхе;

Я бы с удовольствием сделал всё это сам, но увы сейчас нет доступного оборудования: