Действительно, готовых программных BER-тестеров нету. В качестве отправной точки при разработке можно взять diag от Tau-PCI. Его тексты входят в состав Tau-PCI DDK.

Но в качестве аппаратной базы для тестера Sigma - не лучший выбор. Дело в том, что она не поддерживает работу в "прозрачном" режиме - прием произвольного потока битов. Sigma умеет только HDLC и Async. Для тестера лучше подойдет Tau-PCI, в ней есть аппаратная поддержка прозрачного режима.