Электроника платы не может сама генерировать наполнение канального интервала отличное от 0x00 или 0xFF.

Ошибка в драйвере, которая объясняла бы такое поведение (и не была замечена) крайне маловероятна.

Думаю, проблема в другом, но идей пока нет.

Могу посоветовать исследовать ситуацию в различных конфигурациях. Например запустить несколько каналов с привязкой к различным канальным интервалам. Посмотреть будет ли идти "помеха" при отсоединении входящего E1. Что будет если в схеме включения "поменять" E1/0 и E1/1 местами (схема платы симметричная), ... и т.д.