Флаги учесть нельзя, до драйвера эта информация никак не доходит, можно положить что флага два (меньше редко бывает), сrc два байта, т.е. +4 к каждому пакету. Стафинг можно учесть но для этого надо делать функцию через которую надо будет проганять все пакеты вместе с CRC. Самое простое что можно сделать:

ibites=(ibytes+ipkts*4)*8

Это будет нижняя граница реального потока в битах.

Тут правда возникает такой вопрос, когда данных нет, то передаются флаги. Их тоже как трафик учитывают? Тогда, вообще говоря, битовая скорость известна, помножить ее на время, вот и результат. Стафинг тоже никто никогда не учитывает, да и контрольную сумму.
Т.е. то что выдает карточка, то как правило и считают, все остальное не должно учитываться. Часто даже и протокольный заголовок отбрасывают.
Я думаю вам нужно узнать у провайдера что именно и как он считает и в какой точке. А после этого разбираться.