Если используются протоколы ppp и cisco/hdlc, и стандартные настройки sconfig-а, то можно поместить в rc.conf.
Параметр ifconfig-а link2 включает протокол cisco/hdlc.
Если sconfig вызывать надо, то лучше использовать rc.local, либо править системные скрипты, которые обслуживают rc.conf. Этот способ годен практически для всех версий FreeBSD.
Что касается ветки 5.х то там нужно написать командный файл в /etc/rc.d и правильно указать зависимости, так чтоб загружаться до сетевых скриптов, и тогда уже стандартным способом через rc.conf.