Патч FreeBSD сводится как-раз к тому, чтобы заставить стандартный "системный" драйвер работать с memory-mapped портами.

Кабеля с распайкой на RJ-45 мы вам предложить не можем. Но подойдет от Digi (8-port RJ-45 DTE, #76000527).

"Digi Neo 8p PCI" лишь отдаленно похожа на Omega2, хотя и возможно что сделала на том-же UART/PCI контроллере. Didi Neo может работь с питанием как 3.3, так и 5В - это хорошо. Но при этом похоже не использует питание +/- 12В, и не содержит схему повышения напряжения. Если это так, то возможны проблемы, так как RS-232 предусматривает уровни сигнала +/- 12В, а не 5В или 3.3