Для портов на Omega2-PCI base_baud = 921600, т.е. в 8 раз быстрее обычных COM-портов. Соответственно для установки требуемой скорости делитель должен быть в 8 раз больше.
Если без каких-либо настроек base_baud у вас не равен 921600, то нужно разбираться почему. Для начала можно попробовать установить через setserial.