Да, вы абсолютно правильно поняли суть проблемы.

sconfig -e показывает в работающем состоянии cp0 на нем два dlci
cp0 -/- -/- -/- .293/- -/- -/- Ok
cp1 .291/- -/- -/- -/- -/- -/- LOS,AIS,LOF,FARLOF

sconfig -e в режиме как бы хотелось чтобы работало (на cp0 dlci 16 на cp1 dlci 17)
cp0 -/- -/- -/- .999/- -/- -/- Ok
cp1 -/- -/- -/- .999/- -/- -/- Ok

ifconfig -a в работающем режиме

cp0d16 Link encap:Frame Relay DLCI HWaddr 0
inet addr:192.168.13.41 P-t-P:192.168.13.42 Mask:255.255.255.255
UP POINTOPOINT RUNNING NOARP MTU:1500 Metric:1
RX packets:13999852 errors:0 dropped:0 overruns:0 frame:0
TX packets:13081299 errors:0 dropped:22 overruns:0 carrier:0
collisions:0 txqueuelen:100
RX bytes:2035569369 (1941.2 Mb) TX bytes:2305091126 (2198.3 Mb)

cp0d17 Link encap:Frame Relay DLCI HWaddr 0
inet addr:192.168.5.13 P-t-P:192.168.5.112 Mask:255.255.255.255
UP POINTOPOINT RUNNING NOARP MTU:1500 Metric:1
RX packets:2715 errors:0 dropped:0 overruns:0 frame:0
TX packets:2819 errors:0 dropped:0 overruns:0 carrier:0
collisions:0 txqueuelen:100
RX bytes:304688 (297.5 Kb) TX bytes:1632058 (1.5 Mb)

ifconfig -a при попытке перейти на два Е1 потока вместо одного

cp0d16 Link encap:Frame Relay DLCI HWaddr 0
inet addr:192.168.13.41 P-t-P:192.168.13.42 Mask:255.255.255.255
UP POINTOPOINT RUNNING NOARP MTU:1500 Metric:1
RX packets:13949642 errors:0 dropped:0 overruns:0 frame:0
TX packets:13047612 errors:0 dropped:22 overruns:0 carrier:0
collisions:0 txqueuelen:100
RX bytes:2029857703 (1935.8 Mb) TX bytes:2293709206 (2187.4 Mb)

cp0d17 Link encap:Frame Relay DLCI HWaddr 0
inet addr:192.168.5.13 P-t-P:192.168.5.112 Mask:255.255.255.255
POINTOPOINT NOARP MTU:1500 Metric:1
RX packets:3670027 errors:0 dropped:0 overruns:0 frame:0
TX packets:3994786 errors:0 dropped:270 overruns:0 carrier:0
collisions:0 txqueuelen:100
RX bytes:614444356 (585.9 Mb) TX bytes:1871481430 (1784.7 Mb)

cp1d17 Link encap:Frame Relay DLCI HWaddr 0
inet addr:192.168.5.13 P-t-P:192.168.5.112 Mask:255.255.255.255
UP POINTOPOINT RUNNING NOARP MTU:1500 Metric:1
RX packets:74 errors:0 dropped:0 overruns:0 frame:0
TX packets:117 errors:0 dropped:0 overruns:0 carrier:0
collisions:0 txqueuelen:100
RX bytes:1096 (1.0 Kb) TX bytes:4820 (4.7 Kb)

правда ifconfig без ключей не показывает что висит два dlci на первом канале Tau

Ядро 2.4.7-10, Red Hat OS
Драйвера 3.5.2

До этого случая я ни с какими проблемами не сталкивался серьезными